Liga de Campeones de la CAF 2009

Los ganadores avanzaron a la primera fase. Los partidos se jugaron, la ida el 30 de enero y 1 de febrero y la vuelta los días 13 y 15 de febrero de 2009.

Equipo 1	Agr.	Equipo 2	Ida	Vuelta
1º de Agosto	7–3	CARA Brazzaville	5–2	2–1
Canon Yaoundé	2–1	AS Inter Star	1–1	1–0
AS Douanes	4–1	Ports Authority FC	3–1	1–0
Kano Pillars	2–0	Elect-Sport FC	2–0	0–0
Club Africain	w/o2	SC Bafatá	-	-
Djoliba	4–1	Casa Sport	4–0	0–1
Ferroviário de Maputo	2–3	KCC	2–1	0–2
Supersport United	8–2	Curepipe Starlight SC	3–0	5–2
Heartland	10–1	Monrovia Black Star	4–0	6–1
FAR Rabat	6–2	SC Praia	6–1	0–1
Petro Atlético	6–0	Royal Leopards	3–0	3–0
Étoile Filante	4–3	Heart of Lions	2–0	2–3
Al Ahly Tripoli	7–2	AS Police	6–0	1–2
Ittihad Khemisset	w.o.2	Wallidan	-	-
ASO Chlef	3–1	Fello Star	1–0	2–1
DC Motema Pembe	1–3	AS Mangasport	1–2	0–1
Monomotapa United	3–2	Miembeni	2–0	1–2
Young Africans SC	14–1	Etoile d'Or	8–1	6–0
Academie Ny Antsika	0–6	US Stade Tamponnaise	-1	0–6
ZESCO United	5–1	Mathare United	2–0	3–1
Al-Merrikh SC	2–1	ATRACO	2–1	0–0

¹ La serie se jugó a un partido luego de que el partido de ida fuera suspendido por los problemas de violencia en Madagascar[1]
² Wallidan y SC Bafata abandonaron el tornoe.

La disputaron los campeones de las federaciones con más bajo lugar en el ranking FIFA, y clasificaría a la primera fase el ganador en caso de que alguno de los clasificados se retirara.[2] Como no hubo retiros el ganador quedó eliminado del torneo. Los partidos se jugaron el 22 de febrero y el 8 de marzo de 2009.

Equipo 1	Agr.	Equipo 2	Ida	Vuelta
Stade Centrafricain	1–1 (4–5 p)	Akonangui	1–0	0–1

Partidos disputados el 13 y 15 de marzo y el 3 y 6 de abril de 2009.

Equipo 1	Agr.	Equipo 2	Ida	Vuelta
1º de Agosto	1–1 (5–4 p)	Canon Yaoundé	0–1	1–0
AS Douanes	1–1 (a)	Kano Pillars	1–1	0–0
Club Africain	2–2 (a)	Djoliba	1–2	1–0
KCC	3–2	Supersport United	2–1	1–1
Heartland	4–2	FAR Rabat	3–1	1–1
TP Mazembe	5–1	Petro Atlético	3–0	2–1
ASEC Mimosas	3–0	Étoile Filante	2–0	1–0
JS Kabylie	1–3	Al Ahly Tripoli	1–2	0–1
Asante Kotoko	3–3 (a)	Ittihad Khemisset	3–1	0–2
Étoile du Sahel	2–1	ASO Chlef	2–1	0–0
Coton Sport FC	5–3	AS Mangasport	2–1	3–2
Ajax Cape Town	4–4 (a)	Monomotapa United	3–2	1–2
Al-Ahly	4–0	Young Africans	3–0	1–0
Al-Hilal	4–3	US Stade Tamponnaise	3–1	1–2
Africa Sports	0–2	ZESCO United	0–0	0–2
Al Ittihad Tripoli	1–4	Al-Merrikh SC	1–1	0–3

Partidos disputados el 17 y 19 de abril y el 1 y 4 de mayo de 2009. Los perdedores de esta fase avanzaron a la Copa Confederación de la CAF 2009.

Equipo 1	Agr.	Equipo 2	Ida	Vuelta
1.º de Agosto	3–3 (a)	Al-Hilal	3–1	0–2
Kano Pillars	(a) 3–3	Al-Ahly	1–1	2–2
Djoliba	1–2	ZESCO United	0–0	1–2
KCC	1–2	Al-Merrikh SC	0–1	1–1
Heartland	3–2	Coton Sport FC	2–1	1–1
TP Mazembe	1–0	Ittihad Khemisset	1–0	0–0
ASEC Mimosas	1–2	Monomotapa United	1–0	0–2
Al Ahly Trípoli	0–2	Étoile du Sahel	0–0	0–2

Luego de las fases previas, se forman dos grupos de cuatro equipos cada uno, que juegan partidos de ida y vuelta de bajo el sistema de todos contra todos. Los dos mejores de cada grupo clasificarán a las semifinales y posteriormente a la final. El sorteo de los grupos fue el 7 de mayo de 2009 en El Cairo.[3]